Josh et Sophie, les jumeaux de 16 ans, savent désormais que le diabolique docteur Dee possède le livre qui permet à Nicolas Flamel, le célèbre alchimiste, et à sa femme Pernelle, de rester en vie. Fuyant une attaque de leur ennemi déchaîné, les jumeaux débarquent à Paris, mais ils se retrouvent vite pris dans les filets d’un autre personnage diabolique : Nicolas Machiavel et son armée de monstres, walkyries et autres gargouilles de Notre-Dame. Il est temps pour Sophie de poursuivre l’apprentissage de la Magie élémentaire et maîtriser la Magie du Feu. Seul le Comte de Saint-Germain, puissant magicien et ancien disciple de Flamel, peut lui enseigner cet art. Les pouvoirs des jumeaux grandissent... Bientôt la prophétie se réalisera, « ils seront les deux qui ne sont qu’un et celui qui est tout. »